OpenKIM(Knowledgebase of Interatomic Models)

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openkim是材料分子模拟的开放源码工具在线套件。这些工具有助于使分子模拟更容易访问和更可靠。在openkim,你会发现一个在线资源的标准化测试和长期的原子模型和数据仓库,以及与原子模拟和原子间作用势能相匹配的程序编程接口。

 

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Store.Synchrotron Data Store(myTARDIS Diffraction Image Repository/TARDIS/The Australian Repositories for Diffraction ImageS)

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store是一个全功能的基于云计算的以澳大利亚同步加速器原始X射线数据的归档,这是南半球最大的独立科学基础设施。同步加速器代表了大分子晶体学界长期努力的逻辑延伸,以确保提供令人满意的证据来支持结构实验的解释。

 

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Yeast Resource Center(Yeast Resource Center Public Data Repository/YRC PDR)

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酵母资源中心提供关于质谱分析,酵母双杂交数组,反褶积花期显微镜检查,蛋白质结构预测和计算生物学数据的访问。这些服务为进一步以完全理解的化学相互作用所需的维持因素和精确的的活细胞繁殖为目标提供了支持。酵母的基本生物过程被保存在所有真核生物的观察报告中中,以确保这些知识将具体化并推进我们对生命系统的理解。

 

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WorldWideMolecularMatrix(WWMM)

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WWMM是一种电子为未发表的化学数据存储库。WWMM是一个开放的小分子的信息集合。“矩阵”WWMM受到威廉·吉布森对知识架构的视角为基础,认为所有知识是可访问的。WWMM是一个实验,看看这种方式对化学化合物方面能够达到什么程度。虽然大部分的给定的化合物信息已公开发表,但还有很少一部分可以在开放的电子集合中。WWMM旨在推动这种方法促进在布达佩斯开放档案计划下对化学和当前数字集合进行访问。(http://www.budapestopenaccessinitiative.org/read)

 

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Chemical Carcinogenesis Research Information System(CCRIS/a toxnet database)

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CCRIS含有超过9000化学记录具有致癌性、致突变性,促进肿瘤生长,肿瘤抑制试验结果。数据来源于初级期刊引用的研究、当前的认识工具、NCI报告和其他特殊来源。实验结果已受到致癌和突变方面专家们的审查。化学致癌作用研究信息系统内含9000多种化学物质短期或长期生物分析所得的评估数据及信息。这些分析涉及到致癌物、诱变剂、辅致癌物质和肿瘤启动物质、致癌物的抑制剂和代谢物。

 

 

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SABIO-RK

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SABIO-RK是一个基于web的应用程序基于SABIO关系数据库,其中包含关于生化反应的信息,他们的动力学方程,它们的特性,这些特征测量的实验条件。它旨在支持模型建立者建立生化网络模型,同时它也有助于实验或研究人员了解生化反应及其动力学的特点。所有的数据是由生物专家手工策划和注释,支持自动化的一致性检查。

 

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Rhea


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Rhea是一个免费的和并拥有全面的资源的生化反应专业数据库。它被设计为应用程序提供非冗余组的化学变化信息,如酶的功能注释、途径推理和代谢网络重建等。有三种类型的反应参与者(反应物和产物):小分子,Rhea聚合物,泛型化合物。所有三种类型的反应参与者均与ChEBI数据库链接(化学实体的生物感兴趣),提供详细信息包括结构、公式和电荷。Rhea提供了内置的验证功能,确保反应中的质量和电荷平衡。我们的数据库提供反应中发现的酶分类(IntEnz和酶的数据库),并附加扩展它已知反应的生物学的同类别数据。而Rhea的主要焦点是此类反应,其他生化反应(包括那些通常被称为“自发”)也包括在内。

 

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EDGAR(Emissions Database for Global Atmospheric Research)

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全球大气排放研究数据库(EDGAR)提供了全球过去和现今人为排放温室气体和空气污染物的国家和空间网格分布。

 

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CHEMOTION Electronic Laboratory Notebook & Repository for Research Data

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化学结构和数据集存储库

 

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PDBj(Protein Data Bank Japan)

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PDBj(日本蛋白质数据银行)提供了一种大分子结构的集中式PDB档案,利用综合工具进行数据检索、可视化、功能鉴定。pdbjjst-nbdc和大阪大学的支持。

 

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